Minimalizacja to takie ukrywanie programu, które umożliwia korzystanie z innych funkcji dostępnych w systemie, bez wyłączania aplikacji. Jest to bardzo przydatna opcja, która najczęściej wykorzystywana jest na komputerach osobistych, np. kiedy korzystamy z przeglądarki internetowej, a chcemy na chwilę sprawdzić dokument znajdujący się na pulpicie.
AutoMapa dla Windows na urządzeniach z systemami Windows Mobile 5, 6 i 6.5 oraz Windows CE 5.0 i 6.0 działa w trybie pełnoekranowym, a nie w oknie, więc nie ma w prawym-górnym rogu przycisków funkcyjnych, w tym minimalizacji. Na szczęście w AutoMapie dostępny jest przycisk Minimalizuj. Znajduje się on po wybraniu Menu i przejściu na druga stronę.
Po kliknięciu przycisku Minimalizuj przechodzimy do systemowego pulpitu na urządzeniu. Natomiast, żeby wrócić ponownie do programu to w zależności od systemu, należy kliknąć ikonę AutoMapy, przycisk Nawigacja, GPS, itp. lub wybrać AutoMapę z paska zadań.
Przycisk Minimalizuj nie jest aktywny (dostępny) na każdym urządzeniu. Jest to spowodowane tym, że niektóre urządzenia mają przycisk sprzętowy, np. na górnej części obudowy, który służy do minimalizacji. Na niektórych urządzeniach do minimalizacji służy przycisk Wł./Wył., który po przytrzymaniu przez 2-3 sek minimalizuje aktywny program. Są również urządzenia, które nie posiadają swojego menu, czy też dostępu do systemu Windows, np. Smart GPS SG320, gdzie taka funkcja byłaby nieprzydatna.
