Sposób uruchomienia AutoMapy dla systemu Windows zależy od posiadanego urządzenia, więc na jednym należy kliknąć ikonę AutoMapa, a na innym Nawigacja, Mapa, czy też GPS. Samo rozpoczęcie pracy z AutoMapą jest podobne, ale na urządzeniach, które mają dostęp do Internetu, można od razu włączyć usługę LiveDrive!, czy Miplo.
Po uruchomieniu AutoMapy pierwszym ekranem, jaki się pojawi jest AutoMapa – Ostrzeżenie, która zawiera informację dotyczącą korzystania z programu podczas jazdy samochodem. Należy zapoznać się z komunikatem i aby przejść dalej, kliknąć przycisk OK 
, który znajduje się na dolnej belce.
Jeżeli chcemy, aby ten komunikat nie pojawiał się przy kolejnych uruchomieniach AutoMapy, to należy zaznaczyć pole wyboru Nie pokazuj tego okna i kliknąć przycisk OK.
W przypadku, kiedy na urządzeniu mamy dostęp do Internetu, np. bezpośredni lub przez ActiveSync to kolejnym oknem będzie Konfiguracja AutoMapa Traffic, czyli usługi, która umożliwia omijanie korków podczas nawigowania.
W tym oknie usługa LiveDrive! jest domyślnie włączona, ale można ją wyłączyć, klikając pole wyboru Włącz LiveDrive!. Po wyłączeniu automatycznie zostanie zaznaczona opcja Przypomnij za kilka dni. Jeżeli nie chcemy korzystać z usługi i żeby program nie przypominał o niej podczas kolejnego uruchamiania, to należy odznaczyć pole wyboru Przypomnij za kilka dni.
Po zdecydowaniu się, czy chcemy korzystać z usługi LiveDrive!, czy też nie, należy przejść dalej klikając przycisk Dalej 
, który znajduje się na dolnej belce. Przed przejściem do następnej strony sugeruję zapoznanie się z opisem usługi AutoMapa Traffic, który można zobaczyć po kliknięciu przycisku Szczegóły 
.
Ostatnim ekranem, który nam się pojawi to powitanie, gdzie możemy wybrać jedną z trzech opcji:
- Prowadź do
- Ustaw GPS
- Mapa
Prowadź do umożliwia natychmiastowe przejście do wyszukiwania miejsc, dla których możemy wyznaczyć trasę.
Ustaw GPS umożliwia skonfigurowanie odbiornika GPS. Jest to robione automatycznie, ale można od razu, np. włączyć automatyczne zapisywanie śladu GPS.
Za pomocą przycisku Mapa możemy włączyć wyświetlanie mapy, którą można przeglądać, czy ustawić na niej punkty w celu wyznaczenia trasy.
Na dolnej belce tego okna znajduje się pole wyboru Nie pokazuj tego okna, gdzie po zaznaczeniu tej opcji okno Witamy w programie AutoMapa nie będzie się wyświetlało przy kolejnych uruchomieniach programu.
Po wybraniu jednej z powyższych opcji umożliwi nam korzystanie z programu.
Jeżeli przynajmniej raz uruchomiliśmy AutoMapę i wyłączyliśmy Menu proste to przy najbliższym uruchamianiu, przed oknem Witamy w programie AutoMapa pojawi się okno konfiguracyjne Miplo.
Dzięki Miplo możliwe jest aktualizowanie bazy danych z punktami użyteczności publicznej, czy też wysyłanie swojej pozycji GPS i późniejsze oglądanie jej w serwisie Miplo.pl. Opis usług Miplo dostępny jest po kliknięciu przycisku Szczegóły .
W przypadku, kiedy nie chcemy korzystać z usług Miplo to w oknie konfiguracji możemy odznaczyć pole wyboru Włącz usługi Miplo. Wtedy automatycznie zostanie zaznaczona opcja Przypomnij za kilka dni. Jeżeli nie chcemy, aby program wyświetlał to okno ponownie, to opcję Przypomnij za kilka dni należy odznaczyć.
Jeżeli oknie Konfiguracja usług Miplo pozostawimy zaznaczoną opcję Włącz usługi Miplo to po kliknięciu przycisku Dalej przejdziemy do ustawień konta Miplo, co szczegółowo zostało opisane we wpisie Menu Miplo w AutoMapie dla Windows.
Podczas uruchamiania AutoMapy nie ma wyboru, w jakim języku chcemy obsługiwać program. Jest to spowodowane tym, że program automatycznie ustawia język interfejsu i lektora na podstawie języka, który wybraliśmy podczas instalacji. To jest bardzo wygodne rozwiązanie, ponieważ dzięki temu nie musimy dodatkowo wybierać języka, tylko zostaje on ustawiony za nas. Oczywiście język interfejsu można zmienić w ustawieniach programu.
