Bardzo ważnym elementem programu jest możliwość jego spersonalizowania według własnych upodobań. Taką możliwość daje AutoMapa dla systemu Windows Phone, wchodząc w Ustawienia programu. Tutaj poza możliwością personalizacji można zarządzać licencjami oraz mapami, a dokładnie można sprawdzić ważność licencji i ją przedłużyć, czy też zaktualizować mapę, jeżeli dostępna jest już nowsza.
Ustawienia programu dostępne są po kliknięciu przycisku Ustawienia 
, który znajduje się na dolnej belce. Po jego kliknięciu pojawi się menu z pięcioma stronami. Pierwszą z nich jest strona Opcje, a kolejne to odpowiednio Interfejs, Dźwięk, Trasy i Licencja.
Strona Opcje zawiera ustawienia programu, które szybko można włączyć lub wyłączyć. Takimi ustawieniami na przykład są komputer pokładowy, czy podgląd systemu AutoMapa Traffic. To menu szczegółowo zostało opisane we wpisie Menu Opcje w AutoMapie dla systemu Windows Phone.
W menu Interfejs możliwe jest skonfigurowanie zachowania wielu elementów programu. Można zmienić kolory mapy, wysokość budynków 3D, czy nachylenie i skalowanie mapy, co szczegółowo zostało opisane we wpisie Menu Interfejs w AutoMapie dla systemu Windows Phone.
Kolejną stroną jest menu Dźwięk, które umożliwia konfigurowanie ustawień związanych z komunikatami dźwiękowymi. Można w nim ustawić głośność dla wybranego zakresu prędkości, czy sekwencję komunikatów o manewrach. Można również zmienić lektora, jeżeli domyślnym głos Krzysztofa Hołowczyca nam nie odpowiada. Menu Dźwięk szczegółowo zostało opisane we wpisie Menu Dźwięk w AutoMapie dla systemu Windows Phone.
W menu Trasy można skonfigurować dodatkowe parametry funkcji wyznaczania tras, tj. parametr ETA, parametry pojazdu, zużycie paliwa itd. Dzięki temu możliwe jest ustawienia programu tak, aby wyznaczane trasy miały przebieg zbliżony do oczekiwanego. Ze szczegółowym opisem tej strony można zapoznać się we wpisie Menu Trasy w AutoMapie dla systemu Windows Phone.
Ostatnią stroną w menu Ustawienia jest menu Licencja, w którym można zobaczyć numer licencji, o ile go posiadamy, sprawdzić ważność tego numeru, czy go przedłużyć na wybrany okres. Można również wprowadzić adres e-mail, pobrać mapy, czy sprawdzić informacje o programie i przeczytać umowę licencyjną. Dodatkowo w menu Licencja podany jest identyfikator urządzenia, do którego licencja zostaje przypisana. Dokładny opis tej strony znajduje się we wpisie Menu Licencja w AutoMapie dla systemu Windows Phone.
